编制36人，设置办公室、党建科、研究一科、研究二科、宣传教育科、年鉴工作科、方志工作科和资料信息科8个内设机构。

办公室：负责全院日常工作的综合协调和管理服务。承担文秘、会务、机要、保密、档案、信访、值班、接待、车辆、安全保卫等工作。

党建科（挂人事科牌子）：负责党建群团和人事工作。负责全院机构编制和人事管理。负责干部选拔任用、监督、调配、考核、档案、工资福利、社会保险。

研究一科：负责习近平新时代中国特色社会主义思想在济宁的实践研究，承担党的十八大以来济宁党史研究和党史资料征集、整理、编纂工作。

研究二科：负责毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观在济宁的实践研究，承担新民主主义革命时期、社会主义革命和建设时期、改革开放新时期济宁党史研究和资料征集、整理、编纂工作。

宣传教育科：负责济宁党史史志学习教育、宣传和业务培训工作。负责全院科研工作规划、管理、协调和督促检查。负责党史专项课题的相关工作。负责党史史志优秀成果的推荐评选工作。

年鉴工作科：负责组织编纂《中共济宁年鉴》和《济宁年鉴》。负责指导全市各级各类年鉴的编纂工作。开展年鉴理论研究工作。

方志工作科：负责拟定全市地方志工作规划。负责拟定市志编纂方案并组织实施。负责市志的指导、总纂、审查和验收。负责指导县（市、区）史志工作。负责指导市直部门行业志、部门志等编写工作。

资料信息科：负责国内外有关济宁党史、市情资料收集、整理、研究和开发利用工作。负责中共济宁历史网、市情资料库、新媒体平台运行维护等工作。